Probabilmente S. Francesco visitò questo luogo già nel 1209, durante la prima venuta nella valle reatina e sicuramente vi transitò altre volte negli anni successivi, durante i suoi viaggi in Italia.
Comunque nel 1917 erano stati costruiti il romitorio con la cella speciale per il Santo, l’oratorio (ove attualmente è il coro) e il convento vecchio con la dispensa e la cantina; in questo periodo S. Francesco soleva salire sulla vetta del monte Lacerone, ove era un capanno, per poter restare solitario in contemplazione di Dio.
Nel dicembre 1223, mentre si trovava a Fonte Colombo, chiamò l’amico Giovanni Velita di Greccio e gli manifestò l’idea di poter celebrare a Greccio, durante il prossimo Natale, la natività di Gesù con la raffigurazione animata da personaggi ed animali (bue ed asinello); così fu fatto presso l’antico convento, sanzionando quindi la nascita del presepe.
Nel 1228 sul luogo della rappresentazione fu costruita la cappella del presepe ed insiema la chiesina di S. Bonaventura.
Nel 1792 sulla vetta del monte Lacerone, ove sorgeva il capanno, fu costruita una cappella commemorativa, detta la Cappelletta.
Nel 1962 è stata costruita la chiesa nuova, dopo numerosi ammodernamenti ed ingrandimenti del convento.
